As Brigadas Hidrográficas são órgãos operacionais do Instituto Hidrográfico, na dependência do seu Diretor-geral e com subordinação técnica ao Diretor-técnico.
A Brigada Hidrográfica n.º 1 foi estabelecida em 9 de Fevereiro de 1967 e em 11 de Outubro de 1976 foi criada a Brigada Hidrográfica n.º 2. Conquanto existam duas Brigadas, estas organizam-se em termos funcionais como apenas uma.
Desde 1995 que as Brigadas Hidrográficas estão sediadas na Base Hidrográfica Vice-almirante Sarmento Gouveia, no Seixal.
Uma parte substancial da componente operacional do Instituto está entregue às Brigadas Hidrográficas que, no mar ou em terra, executam levantamentos topo-hidrográficos (LTH). Os objetivos dos LTH são:
Uma das principais atribuições das Brigadas Hidrográficas consiste na recolha de informação topo-hidrográfica necessária à construção e atualização do fólio nacional de Cartas Náuticas.
O processo de aquisição e processamento de dados topo-hidrográficos encontra-se certificado pela norma NP EN ISO 9001:2008 no âmbito do Sistema de Gestão da Qualidade do Instituto Hidrográfico.