O Instituto Hidrográfico tem a sua sede em Lisboa e conta com uma Base Hidrográfica, a Base Hidrográfica Vice-almirante Sarmento Gouveia, no Seixal
O Instituto Hidrográfico tem a sua sede no Convento das Trinas do Mocambo, situado entre os bairros históricos de Santos e da Lapa, em Lisboa.
Neste edifício funcionam os órgãos diretivos, os órgãos técnicos (Divisão de Navegação, Divisão de Hidrografia, Divisão de Oceanografia, Divisão de Geologia Marinha, Divisão de Química e Poluição do Meio Marino e Gabinete de Sistemas de Informação Geográfica), os serviços de documentação, financeiros e de apoio logístico, a Escola de Hidrografia e Oceanografia e os laboratórios de Química e Poluição do Meio Marinho e de Sedimentologia.
Localizada na margem esquerda do Rio Coina, no concelho do Seixal, integra a Brigada Hidrográfica Vice-almirante Sarmento Gouveia, o Centro de Instrumentação Marítima (CIM) e um heliporto. Decorrente da missão específica do CIM, encontram-se de igual modo sediados na Base Hidrográfica da Azinheira o Laboratório de Calibração, os paióis de armazenamento dos múltiplos e diversos equipamentos científicos do IH, as oficinas de electrónica, electricidade, mecânica de precisão, inspecção e calibração de bóias, motores de combustão interna, serralharia mecânica, carpintaria, assim como o serviço de embarcações.
