o Instituto diferencia-se pelo facto de ter a capacidade de operar navios hidrográficos dotados de todas as condições para a execução, não só das suas missões, como também dos interesses da comunidade científica nacional ligada às Ciências e Tecnologias do Mar.
Estes navios de investigação são polovalentes, possuem aparelhos de força capazes de colocar equipamentos na água, espaços de laboratório e, em casos mais específicos, transportam contentores de material autossuficientes mediante as necessidades das equipas de investigação embarcadas.
Os navios costeiros, devido ao seu pouco calado, têm a particularidade de realizar as sondagens dos fundos mais recondidos da costa, através das sondores neles instalados.