O Curso de Engenheiro Hidrógrafo é um dos mais antigos cursos de engenharia em Portugal existindo desde 1836.
Atualmente o Curso de Engenheiro Hidrógrafo é um curso de formação avançada numa das áreas específicas da Hidrografia ou da Oceanografia identificadas como de interesse pelo Instituto Hidrográfico e consiste, academicamente, na realização de um mestrado ou doutoramento num estabelecimento de ensino superior em Portugal ou no estrangeiro e posteriormente na realização de um estágio com o desenvolvimento de um projeto.
Para a realização do Curso de Engenheiro Hidrógrafo normalmente são selecionados alunos, de entre os Hidrógrafos que tenham realizado o Curso de Especialização em Hidrografia, que é reconhecido pelo International Board on Standards of Competence for Hydrographic Surveyors and Nautical Cartographers com a categoria A, após alguns anos de experiência.
Os engenheiros hidrógrafos, após alguns anos de dedicação à área específica da sua formação, por norma são designados para ocupar cargos de chefia e direção no Instituto Hidrográfico.
O mais recente Engenheiro Hidrógrafo, o Capitão-tenente EH Paulo Jorge Antunes Nunes recebeu, no passado dia 10 de maio de 2019, o seu distintivo e a Carta de Curso. No caso concreto deste curso, o mestrado foi desenvolvido na Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa na área dos Sistemas de Informação Geográfica.
Atualmente a Marinha Portuguesa tem mais dois hidrógrafos a realizar o curso de engenheiro hidrógrafo, um na Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa e outro da Naval Postgraduate School, nos EUA. Dentro do plano de formação avançada em Hidrografia está também previsto para o próximo ano um concurso para um curso de engenheiro hidrógrafo com o mestrado a ser desenvolvido na Universidade de New Hampshire, nos EUA.
