O Instituto Hidrográfico realiza serviços de apoio operacional nas seguintes atividades:
Geologia Marinha
Localização, visualização e inspeção de estruturas submarinas;
Caracterização da camada sedimentar e camadas subaflorantes (colheita de amostras, visualização direta e métodos geofísicos – sonar de varrimento lateral, reflexão sísmica e magnetometria);
Caracterização físico-quimica da camada sedimentar (dragados);
Cálculo de volumes de sedimentos;
Apoio em situações de localização de salvados ou de acidentados marítimos.
Oceanografia
Monitorização e previsão de deriva;
Observação e previsão de marés;
Observação meteorológica costeira;
Observação e previsão de agitação marítima;
Apoio à actividade operacional da Marinha.
Navegação
Reparação, Certificação e Compensação de Agulhas Magnéticas;
Certificação de Faróis de Navegação;
Projetos e Pareceres de Segurança Marítima Assessoria técnica na área da Navegação (incluindo inspeções e analise de acidentes marítimos);
Provas de Mar e de Governo e Manobra Fornecimento de Publicações Náuticas (incluindo correção de cartas do Almirantado);
Reparação e Certificação de Instrumentos Náuticos e Equipamentos Meteorológicos.