O Instituto Hidrográfico elabora projetos de Assinalamento Marítimo e de Sistemas de Navegação.
O Instituto Hidrográfico elabora projetos de Assinalamento Marítimo que podem incluir o levantamento hidrográfico das áreas a sinalizar, o levantamento a sonar de varrimento lateral para identificação de obstáculos submarinos, o desenho de canais de navegação e áreas de manobra, a tipificação e localização de marcas de sinalização marítima, a definição da característica das marcas, a especificação técnica de equipamentos, o apoio técnico na aquisição de equipamentos e o acompanhamento da sua instalação.
A realização de obra marítimas ou a instalação de estruturas no mar deve ser precedida da apresentação de um Projeto de Assinalamento Marítimo às autoridades competentes, em tempo para que possa estar aprovado, instalado e divulgado antes do início dos trabalhos.
O Instituto Hidrográfico elabora projetos sobre sistemas de navegação que podem incluir estudos da aplicação de sistemas de navegação.
Como Membro Associado da Associação Internacional de Sinalização Marítima (AISM/IALA), o Instituto Hidrográfico participa no Comité de Radionavegação, que elabora Especificações, Recomendações, Manuais e Guias que visam a normalização e a melhoria dos diversos Sistemas de Navegação existentes no mundo.