O Instituto Hidrográfico tem na sua estrutura de gestão um Diretor-geral e quatro Diretores Departamentais.
O Instituto Hidrográfico, enquanto órgão da Marinha e Laboratório do Estado, adopta a sua estrutura ao quadro normativo aplicável às instituições que se dedicam à investigação científica e desenvolvimento tecnológico mantendo a especificidade, por ser um órgão da Marinha, regulado por legislação própria.
Os órgãos, serviços e suas competências encontram-se descritos na orgânica do Instituto Hidrográfico, regulamentada pelo Decreto-Lei n.º 230/2015.
